甲基化研究服务

人全基因组DNA甲基化芯片



陆谱基于Illumina公司的iScan系统,提供全面的人源全基因组DNA甲基化芯片服务。从陆谱推出的早期Methylation27 BeadChip芯片,到中期广受欢迎的450K芯片以及新推出的850K(EPIC)芯片,位点数量不断提升,覆盖的基因区域更加广泛,属于公司的核心品牌服务之一。

不同课题的需求,丰富了陆谱在科研方案设计的经验;

不同类型样本的处理,丰富了陆谱在检测技术的经验;

不同数据分析的要求,丰富了陆谱在表观调控信息处理的经验;

在甲基化芯片靶向位点深度优化方面更是独具优势,汇集更多优化因素,为二期多中心大样本验证保驾护航!


技术原理

850K芯片沿承了Illumina应用在450K芯片中经典的BeadArray技术,通过Infinium I及II探针设计,在对目标区域全面覆盖的同时也保证数据稳定可靠。Infinium I的设计是通过两种不同的探针的信号值来区分甲基化的CpG位点(C)和非甲基化的CpG位点(T)的比例;而在Infinium II的设计中,每个检测位点只设计一个探针,通过比较该探针掺入的两种荧光的信号值来计算目的位点的甲基化比例。



技术优势

1.丰富的多组学设计经验

经典的“EWAS+RNA-array”之外,“EWAS+GWAS”及“EWAS+代谢组”的整合方案设计,更是极大拓宽了DNA甲基化的研究路线。及丰富了遗传功能调控机制的研究思路。

2.完美的方案技术搭档

陆谱的EWAS+Massarray联合技术检测品牌服务,成为EWAS整体解决方案的技术保障,更是目前EWAS领域的经典技术路线,CNS系列文章是很好的见证。

3.深度的EWAS差异位点优化服务

一直以来,EWAS芯片分析带来的上千个位点及区域差异化,无法深度筛选很有价值的靶向位点及区域进行二期大样本多中心的验证检测,陆谱汇集比较全面,较前沿的优化因素进行深度挖掘,有效解决该服务领域的痛点,也成为了陆谱的服务特色之一。


服务流程

1.样本准备

DNA提取-血液、组织等;

DNA质检-OD、电泳;

2.EWAS芯片检测

亚硫酸盐bisulfite处理基因组,胞嘧啶C转化成尿嘧啶U,甲基化的C不反应,保持不变,处理后的DNA与芯片杂交扫描,甲基化状态可通过计算机荧光信号比例来确定。

3.报告整理

原始数据、质控评估;

实验流程报告;

4.数据分析

差异甲基化分析;

基因功能及通路分析;

与转录组联合分析;

 

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